文：段春生神父
1602年，在北京教友的幫助下，利瑪竇神父購買了一所相當寬敞的房子。1605年，神父們正式遷入新居。在北京耶穌會院，一共住有三位神父，包括利瑪竇、龐迪我（Diego de Pantoja）和費奇規（Gaspar Ferreira）；此外，還有兩位修士、四位僕人。不久，在院中又建了一座樓房，上下各建有卧室三間。住院三分之一設為聖堂，三分之一供神父們居住，其餘的作為初學院，由費奇規神父負責培育四位中國青年，即將入初學。1603年，熊三拔（Sabatino de Ursis）神父來到了北京。
自從利瑪竇獲神宗皇帝允許定居北京後，朝廷大臣、社會名流爭相與之交流。利瑪竇在北京以豐富的東西學識，結交中國的士大夫。常與賓各談論天主、靈魂、天堂、地獄。同時編撰新書，包括以中文寫成的《二十五言》等，得到不少中國知識分子的尊重。及後史冊記載：「自瑪竇入中國後，其徒來益眾。」
徐光啟在《跋二十五言》中說：「自是四方人士，無不知有利先生者。諸博雅名流，亦無不延頸願望見焉。利聞其緒言餘論，即又無不心悅志滿，以為得所未有。」這些話，頗為中肯地反映了利瑪竇與達官名流交遊的真實情況。他特有的人格魅力與淵博學識，為他贏得「西來孔子」的美譽，名滿京城。「四方人士無不知有利先生者，諸博雅名流，亦無不延頸願望焉。稍聞其緒言餘論，即又無不心悅志滿，以為得所未有。」（徐光啟《跋二十五言》）
利瑪竇交遊的士大夫中，因信仰天主教而出名的有兩個人：馮應京與李之藻。馮應京是一個頗有見地的理學家，對利神父傳的天主教神學和倫理學推崇備至，把天主教神學視為「救世良方」。他翻刻利瑪竇的許多著作：如《交友論》、《天主實義》、《輿地全圖》等。並在各書中寫了煲揚西學與西學的序言。
建立北京教會團體
利神父在北京傳教，建立了一個愛的基督徒團體。利神父和其他同會會士們在北京的傳教事業逐步獲得成效，透過這個影響，帝國其他地方的一些門鎖也被打開了。很多人皈依教會，而公共輿論允許傳教士們公開地施洗，並還能用相當隆重的禮儀。在領聖體前，望教者公開認罪；這時可以用傳教士給的言辭或用自己的話。在北京有幾個重要的官員皈依了信仰，甚至包括翰林院的兩個重要人物，以及皇家的一位王子及其家人。
1605年，北京的團體有200多名教友，他們彼此相待並互相幫助，就如同親兄弟一般。同時，有一些耶穌會士相繼入華。他們甚至準備在澳門建立神學院，培養中國本地的神職人員。
1606年，有謠言傳來說葡萄牙和耶穌會士聯手一起要征服中國，澳門充滿武器的倉庫，而郭居靜（Lazzaro Cattaneo）神父要當皇帝：「耶穌會士勾結葡萄牙人、荷蘭人和日本人，要殺在澳的中國人，然後用武力征服中國，並擁戴郭居靜為皇帝。」這一謠言迅速傳遍全澳，驚恐的中國居民紛紛返回內地，澳門僅剩下葡人及黑奴。澳門和澳門周邊地區的華人恐慌，迫害教會的活動隨之而來。北京也受了這次動亂的影響，但這個謠言的荒謬性很快被發現，而耶穌會的神父們只遭受了短暫的壓迫。
1609年12月8日，利瑪竇在北京創立了他所心愛的事業——聖母會（La Congregation de la Ste. Vierge），是仿照羅馬聖母會總會的組織。成立的第一天，利瑪竇邀請了新領洗的40位青年加入聖母會。以後，每月的首星期日聚會一次。第一次聚會，便有14人領受聖體；不到一年，他們已經歸化了一百多人奉教。其中，有張賡，彌克，是李之藻的親戚，也是同鄉，不久在杭州建立耶穌會住院。
實際上，通過徐光啟的幫助，傳教士們於1610年在上海創立一個新的傳教點。1610年利瑪竇去世之前，北京便發展了2000多名教友。
利瑪竇與中國天主教三大柱石
徐光啟與利瑪竇結識成為中國天主教最有利的支持者和教難時的保護者。徐光啟愛好科學，幫助利瑪竇神父翻譯了《歐幾里得幾何》（Euclidean geometry）前六卷和克拉維烏斯（Christopher Clavius）的《數學》。
李之藻，字振之，又字存我，受利瑪竇影響受洗，成為這一時期積極傳栔聖教的一個重要人物，幾乎可以與徐光啟並駕齊驅，被譽為中國天主教三大柱石。
艾儒略（Giulio Alenio）著《大西西泰利先生行迹》中曰：「太僕我存李公久習利子，服其器識，凡有所行，多與相商，覺利子之言則順，間有不從者，後必有悔也。厥後李公忽患病於京師，邸無家眷，利子朝夕於床第間，躬為調護。時病甚篤，已立遺囑，請利子主之。利子力勸其立志奉教於生死之際。公幡然受洗，且奉百金為聖堂用。賴天主寵佑，而李公之疾已痊矣。」自此受洗奉教，為聖教在中國傳播做出巨大貢獻。
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